依托桂林医学院基础医学立项建设博士点、广西重点学科、广西壮族自治区重点实验室及高校重点实验室等优势资源，在数十年的建设中逐步形成了五个特色研究方向。

1.人体解剖与组织胚胎学(100101)

主究要研方向：干细胞与发育生物学

主要研究领域：神经退行性疾病、动脉粥样硬化等老年性疾病中的代谢紊乱分子机制与药物干预研发。

   2.免疫学(100102)

   主要研究方向：代谢与免疫调节 ‚炎症性疾病发病机制研究

主要研究领域：糖尿病、肿瘤等代谢性疾病发生发展中代谢与免疫的交互作用机制；自身免疫性疾病的免疫调节机制。

   3.病原生物学（100103）

   主要研究方向：病原致病因子及致病分子机制

   主要研究领域：广西高发病原性传染病流行病学、寄生虫、病原微生物与疾病相关的分子机制、广西环境微生物与机体微环境的相关性和调控机理。

   4.病理学与病理生理学（100104）

   主要研究方向：肿瘤分子生物学

   主要研究领域：广西地方高发肿瘤的病理学特征及癌细胞侵袭转移规律，同时研究植物雌激素对肿瘤细胞增殖或凋亡的作用机制。

   5.分子生物学（1001Z1）

   主要研究方向：① 肿瘤分子生物学  ② 干细胞与发育生物学

   主要研究领域：从DNA和蛋白质水平研究广西人群重大疾病发生发展规律以及致病基因分子机制及其预防诊治技术。