研究生学院成立于2006年，同年学校获得硕士学位授予权，2007年正式招收外科学、内科学和病理生理学与病理学硕士研究生。2011年获得基础医学和临床医学一级学科硕士学术学位授予权，2014年获得临床医学和药学硕士专业学位授予权，同年获批为广西壮族自治区博士学位授权立项建设单位。2015年获得向具有研究生毕业同等学力人员授予临床医学硕士专业学位的授予权。同年获批设立博士后科研工作站。2015年起与中南大学联合培养博士研究生。2017年再次获批为广西壮族自治区博士学位授权立项建设单位。2018年获得药学、公共卫生与预防医学、生物医学工程和医学技术4个一级学科硕士学术学位授予权。